Home > スペシャルサイト > リアルタイムPCRシステム > Universal ProbeLibrary (UPL) > LNAテクノロジーを基本としたプローブ

 

Universal ProbeLibrary(UPL)は、わずか165 種類の、5'末端をFAM、3'末端付近をダーククエンチャーでラベルされた短鎖の加水分解プローブです。

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UPL があらゆる転写産物をカバーできる理由は、プローブがわずか8～9 塩基という長さのためです。UPLプローブには、LNA （Locked Nucleic Acid）と呼ばれ
る、DNA よりも結合力の強いアナログ（類似体）が組み込まれているため、リアルタイムqPCR においてプローブがハイブリダイズするのに必要な特異性と融解
温度（Tm 値）を持っています。

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165 種類のUPL プローブの配列は、既知の転写産物（トランスクリプトーム）の配列中に高頻度で出現する8～9 塩基のモチーフから選ばれており、トランスクリプトーム内のすべての転写物を、最適に網羅することができます。

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図： 9-mer 配列の出現頻度

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たとえばヒトの転写産物について見ると、165 種類の各プローブは、理論上約7,000 の転写産物に結合サイトをもち、逆に各転写産物は、約16 種類のプローブにより検出できる可能性を持っていることになります。検索されたUPL プローブとプライマーを合わせて使用することで、特定の転写産物のみを特異的に検出することができます。特異的なリアルタイムPCR のデザインは、Web 上のアッセイデザインセンターにあるアクセスフリーのProbeFinder ソフトウェアで簡単に行うことができます。本ソフトウェアは、最適なプライマーとプローブ番号の複数の候補を提示し、それぞれ検出領域や配列も表示できるので、目的に合わせたデザインの候補を簡単に選択することが可能です。 

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UPLアッセイは、Fluorescein, FITC, FAM 及び SYBR Green I を検出できるリアルタイムPCR機器で使用可能です。UPLアッセイは、プレートタイプのLightCycler^® 480 システム、 キャピラリータイプのLightCycler^® システム、及びその他のメーカーのリアルタイムPCR機器で問題なく使用さています。

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LNA テクノロジー

Locked Nucleic Acids (LNA) は、ヌクレオチドアナログの一種です。 2'-O 原子と4'-C 原子をメチレン架橋することでリボース環が"Lock" された構造が形成されま
す（右図）。 ＬＮＡヌクレオシドには、一般的に知られる6 種類の塩基（T、C、G、A、U、メチル化C）を含むものがあり、通常のヌクレオシドと同様、相補的な塩基との塩
基対形成が可能なため、ＤＮＡやＲＮＡへ取り込むことが可能です。ＬＮＡが含まれた核酸は、塩基がスタッキング（積み重なり）し、基本骨格の安定性が高まるため、
温度安定性（Tm 値）や2 本鎖の安定性が高くなります。LNAは、その他の核酸では不可能な状況でも、1塩基のミスマッチを検出できます。

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